ECサイトの運営を始めるにあたり、対応している決済の種類や手数料の把握は非常に重要です。事業の方向性や顧客ターゲット層など、ビジネスに合わせた決済方法の導入を検討することで、顧客の購入体験をよりスムーズにします。

本記事では主に下記のような方に向け、Shopifyで導入可能な決済方法について解説していきます。

  • Shopifyにおいて日本国内でよく利用される決済方法や、必要な手数料を知りたい方
  • EC事業の展開に向け、Shopify利用を検討している方
  • どの決済を導入するべきか、考え方を参考にしたい方

※本記事は、2025年6月現在の情報を元にした内容となっております。

Shopifyでの決済導入の流れ

Shopify標準でサポートしている決済方法の場合

Shopify Payments（クレジットカード等）、銀行振込、代引きなど、標準で対応している決済についてはストアの管理画面（設定メニューにある「決済」のページ）より設定が可能です。画面の案内に従い登録を行います。※詳細については後述

Shopify標準のクレジットカード決済である「Shopify Payments」の設定場所について
Shopify標準の手動決済である「銀行振込」や「代引き」設定の場所について

外部の決済方法を導入する場合

国内で導入事例の多いコンビニ払い・後払い・スマホ決済などは、標準でサポートされていないため各サービス側にて契約を行った後にShopifyと連携させる必要があります。

  1. 決済サービス会社のホームページ等で、お申し込みを行う
  2. 決済サービス会社での審査期間が発生
  3. 審査を通過したらShopifyとの決済つなぎこみを行う

主に上記のような流れとなります。審査完了後のShopifyとのつなぎこみについては原則シンプルな対応となりますが、決済サービス会社からの案内のもと行うと確実です。

外部決済は、審査完了までに一定の期間がかかります。例えばECサイトのリリース段階で決済を整えたい場合、余裕のあるスケジュールを留意しておきましょう。サービスにより期間の違いはありますが、長く見て1ヶ月ほどあると安心です。

外部決済サービス（Paypalを除く）の場合、1取引ごとの取引手数料が決済手数料とは別にかかります。これは契約しているShopifyプランにより率が変動します。エンタープライズプランのShopify Plusの場合が最安で0.2％です。
関連記事）Shopifyの料金をプランごとで比較！最新価格と選び方
参考）[公式]Shopifyの料金プラン

Shopify決済方法別の手数料＆概要を紹介

Shopify Payments

  • 初期費用：0円
  • 月額費用：0円
  • 振込手数料：0円
  • 取引手数料：0％
対応ブランド決済手数料
国内発行のクレジットカード
(VISA／Master／JCB)		Basicプラン：3.55％
Growプラン：3.4％
Advancedプラン：3.25％
Plusプラン：2.9％
クレジットカード
(AMEX／海外発行カード)		Basicプラン：3.9％
Growプラン：3.85％
Advancedプラン：3.8％
Plusプラン：3.75％
Shop PayShopify Payments(クレカ決済)と同じ
Google PayShopify Payments(クレカ決済)と同じ
Apple PayShopify Payments(クレカ決済)と同じ

Shopify Paymentsは、クレジットカード決済に対応した標準サービスです。
決済手数料以外に費用がかからないため、多くのストアで導入されています。また、任意でShop Pay・Google Pay・Apple Payも導入することが可能です。

  • Shop Pay
    Shopify独自のシステム。Shop Payが有効化されているストアであれば、お客様のクレジットカードや住所情報を横断して使えるためスピーディな決済が可能
  • Google Pay
    Googleアカウントを所持しているお客様向けのオンライン決済
  • Apple Pay
    Appleユーザー向けのオンライン決済

参考）[公式]Shopifyペイメント

PayPal

  • 初期費用：0円
  • 月額費用：0円
  • 決済手数料：3.6％＋40円／件（国内の標準レート：月額取引量で変動）
    ※海外取引の場合は4.1％＋40円
  • 振込手数料：0円（銀行口座への出金額が5万円未満の場合は250円／件）
  • 取引手数料：0％

外部決済による取引手数料がかからないメリットがあります。PayPalのアカウントを所持していればShopifyへ導入することが可能です。
日本国内での利用率はあまり高くありませんが世界中で使われているサービスなため、特に越境ECの場合は必須といえるでしょう。
詳細やお申し込み）PayPal 公式サイト

KOMOJU

  • 初期費用：0円
  • 月額費用：0円
  • 振込手数料：振込金額が3万円未満の場合には220円、 3万円以上の場合には410円
  • 取引手数料：0.2％〜2％／件（Shopifyプランにより変動）
  • 入金サイクル：週次 or 月次で選択可能
対応ブランド決済手数料
クレジットカード
(VISA／Master／JCB／AMEX／Diners／DISCOVER)		3.25％
コンビニ決済
(セブンイレブン／ファミリーマート／ローソン／ミニストップ／デイリーヤマザキ／セイコーマート)		2.75％
PayPay3.5％(物販)
9％(デジタルコンテンツ)
楽天ペイ4.4％(物販)
8.4％(デジタルコンテンツ)
メルペイ3.5％(物販)
9％(デジタルコンテンツ)
d払い6.6％(物販)
15％(デジタルコンテンツ)
au PAY3.5％(物販)
15％(デジタルコンテンツ)
後払い決済(Paidy)3.5％(物販)
9％(デジタルコンテンツ)
銀行決済1.4％(銀行振込)
2.75％(ペイジー)
キャリア決済
(docomo／au／SoftBank)		6.6％(物販)
15％(デジタルコンテンツ)

※一部決済は除外して掲載しています

KOMOJUは多種多様な決済方法を提供している決済ゲートウェイで、初期／月額費用、追加費用なしで導入できる強みがあります。また、売上の入金サイクルも週次に対応しているため、キャッシュフローの観点でも安心です。
詳細やお申し込み）KOMOJU 公式サイト

SBペイメントサービス（SBPS）

  • 初期費用：1,000円〜（詳細は下表に掲載）
  • 月額費用：1,000円
  • 振込手数料：要問い合わせ
  • 取引手数料：0.2％〜2％／件（Shopifyプランにより変動）
  • 入金サイクル：月2回（15日締め・末日払い／末日締め・翌15日払い）
    ※支払日が金融機関休業日の場合は翌営業日払い
対応ブランド決済手数料初期費用月額費用トランザクション費
クレジットカード
(VISA／Master)		3.1％3,000円1,000円0円
クレジットカード
(JCB／AMEX／Diners)		3.4％3,000円1,000円0円
コンビニ決済
(セブンイレブン／ファミリーマート／ローソン／ミニストップ／セイコーマート)		1.8％3,000円1,000円100円
※ファミリーマートは110円
PayPay3.45％1,000円1,000円0円
楽天ペイ4％
※サービス利用料率が別途0.5％		1,000円1,000円5円
au PAY3.5％1,000円1,000円5円
キャリア決済
(docomo／au／SoftBank)		5.5％(docomo)
6.3％(au)
5.5％(SoftBank)		1,000円
※各キャリア		1,000円
※各キャリア		5円
※各キャリア

※一部決済は除外して掲載しています

SBペイメントサービスはソフトバンクグループの決済代行会社で、多種多様な決済方法を提供しています。EMV 3-DセキュアやAI不正検知といった高度なセキュリティを提供しており、不正利用やチャージバックへの対策が施されているのが特徴です。
詳細やお申し込み）SBペイメントサービス 公式サイト

GMOイプシロン

  • 決済サービス基本利用料：2,500円／月
    ※早期入金や3Dセキュアなど、複数のオプションが含まれる
  • 初期費用：0円
  • 振込手数料：要問い合わせ(オプションサービス有)
  • 取引手数料：0.2％〜2％／件（Shopifyプランにより変動）
  • 入金サイクル：通常は月1回
    ※サイクルを変えるためのオプションサービス有
対応ブランド ※1決済手数料月額費用
クレジットカード
(VISA／Master／Diners)		3.2％0円
クレジットカード
(JCB／AMEX)		3.2％1,000円 ※2
コンビニ決済
(セブンイレブン／ファミリーマート／ローソン／ミニストップ／セイコーマート)		150円(〜1,999円)
170円(2,000〜2,999円)
200円(3,000〜4,999円)
4％(5,000円〜)		1,500円 ※2
代引き決済360円〜(ゆうパックコレクト)
510円〜(カンガルー代引)		1,500円 ※2
GMO後払い4％＋242円0円
PayPay3.45％(物販)
9％(デジタルコンテンツ)		1,000円
スマホキャリア決済
(d払い／au PAY／ソフトバンクまとめて支払い)		6％1,000円
銀行振込(バーチャル口座)1％1,000円
口座振替決済120円／件 (売上処理料)
100円／件 (登録利用料)		3,000円

※1：一部決済は除外して掲載しています

※2：月額最低手数料として。決済手数料が上回れば免除となる費用

GMOイプシロンはShopifyと古くから連携しているサービスの1社で、多種多様な決済に対応しています。また、事業者側の状況に応じて提供を受けられる様々なオプションサービスがあるのも特徴です。
詳細やお申し込み）GMOイプシロン 公式サイト

Paidy（あと払い）

  • 初期費用：0円
  • 月額費用：0円
  • 決済手数料：目安3.5％（3回分割時の目安4.5％）
    ※最終料率は審査後に確定
  • 振込手数料：550円
  • 取引手数料：0.2％〜2％／件（Shopifyプランにより変動）
  • 入金サイクル：月1回（20日）

PaidyはBNPL（後払い）サービスです。購入者はメールアドレスと携帯番号を入力するだけで商品を購入でき、支払いもスマホアプリがあればコンビニ払いや銀行振込などで簡単に対応できます。例えばクレジットカードを持てない未成年がターゲットのストアは、導入すると機会損失の軽減に役立つでしょう。
※Paidyは、先に紹介したKOMOJUでも導入が可能です。
詳細やお申し込み）あと払いペイディ 公式サイト

決済手数料については、審査後に最終料率が決まるため目安となります。導入時にサービス担当者へ確認をお願いいたします。
引用元）ペイディ加盟店手数料1か月無料キャンペーン(2023年／キャンペーンは終了)

NP後払い

  • 初期費用：0円
  • 月額費用：0円〜（4プラン制）
  • 振込手数料：要問い合わせ
  • 取引手数料：0.2％〜2％／件（Shopifyプランにより変動）
  • 入金サイクル：月1回または月2回で選択可
プラン名月間取引額目安決済手数料
（顧客請求額に対して）		月額費用（税抜）
Aプランー5.0%
※債権買取0.5%＋変動4.5%		0円
Bプラン約92万円以上4.4%
※債権買取0.5%＋変動3.9%		5,000円
Cプラン約206万円以上3.6%
※債権買取0.5%＋変動3.1%		20,000円
Dプラン約440万円以上2.9%
※債権買取0.5%＋変動2.4%		48,000円

NP後払いはネットプロテクションズが提供している後払い決済サービスです。料金プランを月間の取引額に応じ毎月変更できる特徴があるため、柔軟な運用が可能です。また、20年間培ってきた実績をもとにしたシステムの確立により、高い与信通過率（95％）を誇る強みがあります。
詳細やお問い合わせ）NP後払い 公式サイト

atone（あと払い）

  • 初期費用：0円
  • 月額費用：0円〜
  • 振込手数料：要問い合わせ
  • 取引手数料：0.2％〜2％／件（Shopifyプランにより変動）
  • 入金サイクル：要問い合わせ
プラン名サービス利用料月額費用
スタンダードプラン3.5％〜(物販)
5.9％〜(デジタルコンテンツ)		0円
プレミアムプラン2.5%〜(物販)
4.9％〜(デジタルコンテンツ)		48,000円

atone（アトネ）もネットプロテクションズが提供している後払い決済サービスです。顧客が使えるスマホアプリや、ネットプロテクションズ独自のポイントプログラム（NPポイント）を使った値引きができることが特徴です。顧客目線でのメリットにより、CVRやLTVのさらなる向上が期待できます。
詳細やお申し込み）atone 公式サイト

NP後払いとatoneの違いについては下記をご覧ください。
参考）[公式]atoneとNP後払いの違いについて

NP掛け払い

  • 初期費用：0円
  • 振込手数料：要問い合わせ
  • 取引手数料：0.2％〜2％／件（Shopifyプランにより変動）
  • 入金サイクル：原則 月末締め→翌々月10日払い
システム利用料（固定）システム利用料（変動）債権買取手数料成約サポート手数料
12,000円〜1.0〜3.1％0.2〜0.5％0円〜252円／件

NP掛け払いは、ネットプロテクションズが提供するBtoB取引向けの決済です。与信99％を最短即時で通過し、100％未回収保証。支払サイトも柔軟に設定でき、中小〜中堅のBtoB取引を安心・手間なくShopifyに導入可能です。
詳細やお問い合わせ）NP掛け払い 公式サイト

Paid（掛け払い）

  • 初期費用：0円
  • 月額費用：0円〜（売上規模により個別見積）
  • 振込手数料：要問い合わせ
  • 取引手数料：0.2％〜2％／件（Shopifyプランにより変動）
  • 入金サイクル：月末締め→翌々月5日払い・月末締め→翌月末払い（＋保証料0.2％）
保証料事務手数料
請求金額の0.5〜3.5％125円／件

Paidは、ラクーンフィナンシャルが提供するBtoB取引向けの決済です。最大1,000万円の大口与信と、締め日から最短2営業日後の早期立替をAPIで自動化。請求〜督促まで丸ごとアウトソースでき、高額BtoB取引でも資金繰りを強力にサポートします。
詳細やお問い合わせ）Paid 公式サイト

銀行振込／代引き（Shopify標準）

銀行振込や代引きは標準で組み込まれており、決済設定の「手動の決済方法」から追加できます。古くから活用されている決済手段でクレジットカードを保持していない顧客や、高齢者に信頼されやすいです。
決済手数料や取引手数料がかからないのがメリットですが、運用についてはいくつか注意点があるためフロー整備を事前にしておきましょう。

銀行振込

  • 顧客へ振込先の案内が必要。設定時に記載できるが、併せて運用フローを設計しておくとよい
  • 入金確認後の照合作業負荷がかかる。出荷が遅れやすい
  • 未入金や名義間違えなどの運用リスクがある
Shopifyの手動決済で銀行振込をつなぐ場合は、設定時に振込先などを記載しておく必要がある

代引き

  • 注文処理を手動で行うため、受注処理の運用フロー整備が必要。入金後のステータス変更漏れなども注意
  • 原則、Shopifyの注文合計金額に代引き手数料は計算されない（請求額と注文データの不一致）
    - 代引き設定時に配送会社の手数料を明記。顧客側とトラブルにならないよう運用フローの整備が必要
    - 代引手数料を自動加算できるアプリ導入の検討
    - 経理処理フローの整備が必要
  • 顧客側での受取拒否や連絡つかずの返送など、運用リスクあり

代引き手数料自動計算アプリの参考に、下記いくつかご紹介します。
配送カスタム.amp
MR.DAIBIKI
シンプル代引き

Amazon Payのサポート終了と代替決算手段について

2025年1月6日をもって、Amazon Payのサポートは終了となりました。現在Shopifyでは利用できないため、ストアによっては代替決済手段の検討が必要です。
※参考として、導入可能な想定だとAmazon Payの決済手数料は3.9％（物販）、4.5％（デジタルコンテンツ）。Shopifyの取引手数料が別途0.2〜2％。

代替決算手段の候補

購入体験のスムーズさやメリット、事業者側の手数料負担、といった目線で検討できそうな決済手段をいくつかご紹介します。

  • Shop Pay
    Shopify Paymentsを導入していれば利用可能。顧客側がクレジットカードや配送先住所を登録してあれば非常にスムーズな購入体験となる。事業者側にとっても取引手数料がかからないためメリットとなる。
  • PayPay
    国内での利用率の高さやポイントが貯まるなど、顧客側のメリットあり。クレジットカードを持たない若年層の購入機会を狙えることや、導入する外部決済サービスによってはAmazon Payよりも手数料を低く抑えられる可能性がある。
  • 楽天ペイ
    楽天ポイントの利用層を獲得可能。決済手数料は物販の場合で4％代となるが、検討余地は十分にあり。

決済方法選定の考え方や導入の注意点

当社でこれまで経験してきた例をもとに、基本的な決済選定の考え方や注意点をいくつかご紹介いたします。参考としてご確認ください。

EC事業のフェーズや運営体制で考える

例えば、新規で自社ECをスタート／月商を伸ばしていく段階の場合、運営リソースが少数なことが想定されます。多種類の決済を導入することで売上の機会損失を軽減できるメリットはありますが、その分手数料もかかります。また、銀行振込や代引きなどの手動処理決済も含まれていると、リソース負荷やミスによる運営事故リスクも高まります。
売上高やリソース体制を考慮した上で、まずはShopify Paymentsなど必要最低限の決済でスタート。その後売上やリソースの確保に応じて決済手段を増やしていく、という流れが1つの考え方になるかと思います。

顧客のターゲット属性で考える

越境ECの場合はPayPal、若年層の場合は後払いやPayPay等、高齢層の場合はコンビニ決済や銀行振込・代引きなどといった、ターゲットとする顧客層に応じて決済手段を検討するとよいでしょう。

顧客が混乱しないような決済設計を

事業のフェーズや顧客ターゲットに応じて決済手段を確保しておくことは重要ですが、むやみに増やしすぎると顧客側が混乱してしまう可能性があります。本当に必要な決済を事前設計しておくことが大事です。
また、例えばShopify Payments（クレジットカード）を導入していて、外部サービスでも同じ種類のクレジットカードを導入していると顧客が迷ってしまいます。Shopify Paymentsでカバーできない範囲を外部サービスで導入するように考えるとよいでしょう。

まとめ

以上、Shopifyで導入可能な決済サービスを紹介させていただきました。
特にこれからShopifyでEC運営をスタートする場合は、導入したい決済手段と各種手数料・ストアの規模／形態・顧客ターゲット層・ストアの運営体制をトータルで考えた試算を行い、最適な決済方法を決めるとよいでしょう。本記事が少しでもお役に立てば幸いです。

なお、本記事では決済方法のご紹介をメインとしております。Shopifyへ決済導入する際の考え方はストア様ごとに変わってくるため、気になる点など、より詳細な範囲については当社へお問い合わせくださいませ。
※それぞれの外部決済サービス詳細につきましては具体的な回答が難しいため、各決済会社様へお問い合わせいただけますようお願い申し上げます。